Можно сделать так, что при попытки закрыть окно(нажатием на крестик или через alt+f4) ничего не просиходило, но это надо вностить изменения в код. Кстати в Spark 3.0.0 по умолчанию включено уведомление о непрочитанных сообщениях при попытки закрыть окно.